Flowstone Saga é um JRPG com gráficos pixel art de 16 bits que mistura exploração, história e um sistema de batalha baseado em quebra-cabeça. A história acompanha Mirai, uma jovem aventureira, e seu pet Sprig, que descobrem um poder antigo sob ruínas esquecidas nas ilhas de Ocean's End. Com esse poder, Mirai pode reparar, construir e lutar. Ela usa suas novas habilidades para ajudar a construir sua cidade natal, New Riverstone, enfrentar ameaças como os Piratas da Presa Escarlate e o Império Byzankar, caçar tesouros em montanhas, florestas, templos e ruínas, e fazer novas amizades. O jogo também conta com árvore de Perks passiva, sistema de Jobs (Frog), equipamentos que melhoram seu build e uma Flask personalizável.
O combate funciona com blocos que caem, onde Mirai controla o fluxo da batalha no tabuleiro de quebra-cabeça. Ao limpar linhas, você causa dano a um monstro com um ataque normal, e limpar várias linhas de uma vez gera golpes muito mais poderosos. Você precisa combinar Link Crystals para acumular Heat e aumentar o dano, limpar Orbs para se curar ou acionar ataques especiais, usar a Flask para lançar efeitos de itens no tabuleiro e se defender dos monstros. Os monstros também têm habilidades próprias, como sopro de fogo, paralisia, tempestades de areia, lasers que destroem tiles e muito mais. Você desbloqueia Powers que permitem infundir o tabuleiro com magia elemental como Fogo, Gelo e Raio, arremessar peças diretamente contra os inimigos, criar peças gigantes, reparar seu tabuleiro e aprimorar combos.
Se preferir mais precisão sem pressão de tempo, pode alternar para o Hold Mode a qualquer momento, o que muda o fluxo da batalha para um estilo por turnos. No Hold Mode, as peças não caem e você as move no seu próprio ritmo, enquanto os inimigos também não atacam em tempo real. A cada peça encaixada, as barras de ação dos inimigos avançam um pouco, e você vê exatamente quantas peças faltam para que eles ataquem, permitindo planejar suas táticas com calma.
Além das batalhas, você explora as ilhas de Ocean's End em dezenas de mapas e masmorras feitos à mão, procurando tesouros, reunindo recursos, resolvendo quebra-cabeças antigas e desvendando mistérios. Ao longo do mundo, você encontra estruturas misteriosas que só Mirai pode restaurar com seus poderes, desde objetos essenciais para avançar no jogo, como escadas ou pontes, até estruturas opcionais que rendem recompensas como ouro e experiência, e áreas ocultas que exigem poderes específicos. Em New Riverstone, você faz amizade com personagens encantadores, ajuda a construir e expandir a cidade completando missões principais e secundárias, e encontra itens decorativos em lojas e masmorras para personalizar sua casa e embelezar a cidade com novas árvores, estátuas e fontes de água. Você também pode encontrar os recursos de que precisa explorando áreas perigosas ou entrando nas Minas com Hagan, um minigame acelerado onde quanto mais linhas você limpa, mais recursos encontra, mas com apenas 2 minutos para agir. Depois de construir o Bistro, você conhece melhor as pessoas de New Riverstone, aprende suas histórias, ouve suas preocupações, fortalece seus relacionamentos e desbloqueia efeitos de batalha poderosos ao se aproximar de seus melhores amigos.